Struktur lengkap perangkat desa yang menjalankan roda pemerintahan:

Dahulu, wilayah Sebelimbingan hanyalah hutan di bawah pemerintahan Desa Muhuran. Awalnya, di daerah Sebatu yang berpenduduk kurang dari 5 kepala keluarga, masyarakat tinggal di dataran rendah yang sering terendam banjir.

Melihat kondisi ini, Sahamin, cucu tokoh Desa Muhuran bernama Tuka (Suta Kanan), memimpin warga mencari tempat yang lebih aman. Setelah musyawarah, dipilihlah Sebelimbingan sebagai lokasi baru. Sahamin diangkat sebagai Kepala Kampung sejak 1947 dan memimpin pembangunan termasuk pendirian Masjid As-Sadar (kini Baiturrahman).

Tahun 1957, kepemimpinan dilanjutkan oleh Amon hingga 1962. Pada masa ini, warga mulai menetap dan mengembangkan pertanian.

Dari 1962–1987, Dayon memimpin bersama lima pengurus kampung. Mereka berhasil menyatukan warga di Segerebok, Teluk Usar, dan Teluk Semalik, serta membangun SD pertama di Sebelimbingan. Desa juga dibagi menjadi dua RT (V dan VI) di bawah Desa Muhuran.

Tahun 1987–1993, kepemimpinan dipegang oleh M. Arim, kemudian Hasyim (1993–2000) yang membawa program Padat Karya CARE untuk pembangunan infrastruktur.

Pada 2000–2004, Kasri memimpin sebagai Kepala Dusun. Karena pelayanan semakin kompleks, dimulailah perjuangan memisahkan diri dari Desa Muhuran. 21 April 2004, Sebelimbingan resmi menjadi Desa Persiapan dengan Mus Mulyadi sebagai pejabat kepala desa.

Pemilihan kepala desa pertama pada 2005 dimenangkan oleh Mus Muliyadi. Peresmian Desa Sebelimbingan dilakukan 23 November 2005 oleh Sekda Kutai, HM. Thamrin.

Sejak saat itu, Desa Sebelimbingan terus berkembang, sejajar dengan desa-desa lain di Kecamatan Kota Bangun, Kabupaten Kutai Kartanegara.